预算是一项十分重要的工作，直接关系到中央各部门各项工作的正常开展。积极推进以部门预算为核心的预算管理制度改革是党中央、全国人大和国务院做出的一项重大决策，也是继实行“分税制”财政体制之后，在支出管理体制方面进行的一项重大改革。近几年，部门预算改革虽取得了积极进展，也收到了明显成效，但我们也清醒地看到，部门预算改革仅仅是起步阶段，在不少方面还不完善，预算改革面临很多问题。
一、科学的支出标准和预算定额体系尚未建立。没有形成涵盖全部经常性支出的定额体系。在定额测算方式上，基本上只是对过去几年预算拨款的简单平均，缺乏准确的基础数据为依据，因而定额标准不尽科学合理。由于没有科学合理的定额体系和相关的基本数据资料，目前实行的部门预算还不能完全摆脱传统的“基数加增长”的编制方法，零基预算实施范围受到很大的限制。
二、尚未形成真正意义上的部门综合预算。政府性基金、预算外资金目前仍实行与预算资金不同的核定办法，部分单位预算外资金仍有较大比例未进入专户，有的虽然进入专户管理，但留用比例过高。随收随支、以收定支问题普遍存在。未能真正实行“收支两条线”管理。
三、项目管理体系需进一步完善。在专项项目预算的安排上，有部分资金还是由财政切块分配，再由管理部门将资金分解落实到具体项目或执行部门。许多项目并未经过专家审定和招标投标就安排了预算，有相当一部分专项资金在年初部门预算中落实不到具体项目，执行中随时安排。长期沿用这种办法，无法保证预算的严肃性。
四、预算科目体系不科学。随着时间的推移、形势的变化，目前的预算收支分类体系与改革实践严重脱节，缺点和局限性日益突出。一是收支范围偏窄，不能全面完整地反映所有收支活动；二是收支项目分类较粗，不利于细化预算编制和强化预算约束；三是分类体系、结构不够科学，难以客观、准确地反映政府各项职能活动。为了完善部门预算改革，需对科目体系的构架和内容进行全面改造。
五、财政支出体制改革应尽快整体推进。在编制部门预算时，应充分利用政府采购制度的改革成果，以及在国库集中支付制度中的尝试，将部门预算改革与政府采购制度、国库集中支付制度改革有机地结合起来，整体推进财政支出体制改革。
六、尽快完善以定员定额管理为主的基本支出预算分配机制。目前由于各部门的“家底”不清，部门占用资源、财务状况、人员数量与质量、财产等等都不明晰，使得按照定员定额标准核定部门支出的工作只能按照历史的水平制订标准，既不公平也不公正，财政分配缺乏准确的基础数据支撑。
七、预算编制时间需提前。编制科学、切合实际的部门预算需要充足的时间，在本年度预算开始实施之时即着手编制下年度预算，这样有利于在编制过程中充分了解财务现状，分析经费的需求情况，从而提高预算的科学性。
八、规范绩效考评管理制度，稳步推进绩效考评工作。为落实党的十六届三中全会关于“建立预算绩效评价体系”的要求，在绩效考评方面，财政部已经做了一些积极的探索工作，制定了有关行业绩效考评工作的管理办法，但现在进行的绩效考评还是初步的，有的试点出现了走偏的苗头，变成了项目竣工验收或是项目执行情况反映。中国实行绩效预算，从长远看是预算改革的方向，但目前还不具备推行绩效预算的条件，因此，目前的工作重点是，进一步加强投入管理，提高预算编制的科学化和规范化程度，强化预算约束；同时，以绩效考评为突破口，探索科学、合理的预算绩效考评体系，为将来推进绩效预算改革夯实基础。
九、机构改革滞后对部门预算改革产生消极影响。我国现存的行政机构和事业单位设置或多或少地带有计划经济色彩，随着市场化改革不断深入，日益显出与市场经济不相适应。同时，目前行政机构与事业单位改革尚未完全完成，对部门预算改革带来严重的负面影响。
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