日本是以天皇为象征的君主立宪制国家，其文化行政机管理构设置与国家治理方式是密不可分的。日本中央政府下的地方行政单位分为都、道、府、县，均为平行的一级行政区，但各都、道、府、县都拥有自治权。其办事机构称为“厅”，即都厅、道厅、府厅、县厅，行政长官称为知事。都、道、府、县下设市、町（相当于中国的镇）、村。其办事机构称“役所”，即市役所、町役所、村役所，行政长官称为市长、町长、村长。目前全国共有1都（东京都）、1道（北海道）、2府（大阪府、京都府）、43个县。
1、文部科学省和文化厅
日本政府主管文化事务的部门是文部科学省，简称文部省，是日本政府1府13省厅中主管教育、科学技术、学术、文化、宗教、体育等事务的中央行政机关。其最高长官文部科学大臣（简称文部科学相）由首相任命，向首相负责，是内阁成员之一。文部科学大臣不仅直接领导日本的教育、文化、科技、体育、宗教行政，而且是政府负责审核教科书的直接负责人。文部科学省设大臣、副大臣、大臣政务官，此外还有负责具体行政事务的事务次官、文部科学审议官（一般由官僚担任）。文部科学省内设1官房（办公厅）7局2部（司局）56课（处），共有公务员1750人。此外，还下辖主管文化事务的副部级行政机关—文化厅及4个特别机构、16个独立行政法人、173所国立学校、2个设施机关及1个地方支分部局。截至2002年底，文部科学省系统在职人员为13.5888万人。
文化厅是隶属于文部科学省的副部级行政机构，具体负责日本的文化行政。1968年，为应对经济高速增长后文化事业发展滞后的局面，日本政府将文部省文化局与文化财保护委员会合并，设立了副部级文化行政机构——文化厅。文化厅有独立的预算财务权，可以自主管理文化行政，开展文化交流。文化厅最高领导为文化厅长官，其职位可由文化、学术界知名民间人士担任。文化厅内设1官房（办公厅）2部（司局）10课（处），截至2002年底，共有公务员225人。受文部科学省委托，文化厅同时管理文化方面的4个独立行政法任及1个特别机构。文化厅下设长相官房（办公厅）、文化部、文化财部。长官官房下设政策课、著作权课、国际课，负责制定文化政策和年度计划，开展国际文化交流，建立国际性知识产权保护机制。文化部下设艺术文化课、国语课、宗务课，负责推进艺术创造活动，振兴媒体艺术，培养世界级新人艺术家，举办艺术节，表彰艺术家，支援企业等开展的文化艺术活动，振兴地方文化，建立艺术信息基地，鼓励国民参加文化艺术活动，建立艺术团体的活动基地，振兴美术馆、历史博物馆，培养支持文化艺术活动的人才；普及国语，推进外国人的日语教育；进行宗教行政管理。文化财部下设传统文化课、美术学艺课、纪念物课、建造物课，负责保存并灵活运用近代文化遗产，研究防（地）震防灾措施，保护文物安全；向联合国教科文组织申请世界遗产，申请口头文化遗产；维修、灵活运用史迹，促进国宝、重要文华财的保护、保存事业，继承传统艺能。
2、政府其他文化行政部门
除文部科学省与文化厅外，日本政府的文化行政部门还包括主管对外文化交流的外务省文化交流部及具体实施对外文化交流项目的半官方特殊法人日本国际交流基金、主管日本文化产业的经济产业省商务情报政策局（下设文化情报关联产业课）、主管日本广播电视的总务省情报通信政策局、以及主管日本文化娱乐场所的警察厅。这些政府部门与文部科学省及文化厅共同构成了日本中央政府的文化管理机构。
3、地方文化行政机构
1947年4月，日本颁布了《地方自治法》，标志着日本由“二战”前的高度中央集权国家向地方分权方向发展。2000年4月，新的《地方分权一揽子法》正式实行，地方政府获得了更大的权利，如在文教方面，各都道府县知事任命教育长不再需要文部大臣的认可，地方文化行政机构获得了更大的自主权。
与中央政府文教合一的机制不同，日本地方政府的教育和文化机关一般是分开的。地方政府设有生活（环境等）文化局（部），其行政主要是为居民服务，为居民提供精神享受，因此文化大多与生活联系在一起。而教育则由地方教育委员会（教育厅）管理。
由于地方政府有独立的财政权，且举办文化活动可以得到中央政府的资金支持，因此地方政府乐于开展丰富多彩的文化活动，一方面博得居民的拥戴，一方面也提高当地的知名度如东京都（生活文化局）举办的亚洲舞台艺术节，宫崎县（企业调整部）举办的宫崎国际音乐节等具有广泛的声誉。
