市场经济条件下公共财政的理论与实际表明，在公共财政体制逐步建立以后，建立相应的公共支出绩效考评制度，是确保体制有效运行的重要管理措施。但由于我国开展此项工作较晚，还没有建立起与我国国情相适应的政府公共支出绩效考评制度体系，以及在政府公共支出绩效考评的组织模式、依据、对象、内容、指标体系、方法、实施与操作等方面的规章制度，缺乏系统性研究，不能适应我国市场经济发展与财政改革的客观需要。
（一）未形成政府公共支出讲效益的制度环境。从国外政府公共支出绩效考评制度工作的发展实际看，这项工作要取得实效必须得到立法的支持，而且要制度化、经常化。评估不同于一般的研究活动，它需要响应的政策和法规加以规范和保障，制度化是当前国际上评估活动的趋势之一。尤其是对政府公共支出的绩效考评，不仅涉及评估活动的实务操作，更要与公共管理和政府决策的方方面面相关联，没有制度保障将难以持续有效地开展，因此，需要从立法的高度给予必要的法律保障。但是，由于我国对公共支出的绩效考评正在探索阶段，目前尚未从立法角度建立一套严格的绩效考评制度。因此，我们应对其他国家的绩效考评方法与制度进行深入的分析和研究，并加以借鉴利用，形成具有我国特色的适用的绩效考评法规和政策。
（二）未形成政府公共支支出讲效益的监督环境。我国对财政支出的监督一般来自三个方面，分别是人大、审计和财政部门自身。目前财政监督存在的主要问题：一是对财政支出审查的内容仍只注重于合法性和合规性审核，未转向经济性、效率性和有效性的评价；二是对财政支出审查的范围仅限于财政支出本身以及延伸的单位财务，未扩展到以政府财政支出为纽带的政府部门整体经济活动的综合评价；三是对财政支出审查的目标仍仅限于“鉴证”形式，通过查找财政、财务存在问题，规范财政管理，未转变为发现管理中存在问题，找出原因，提出政策建议，从而提高财政支出使用效益，提高政府工作效率；四是对财政支出审查的方式仍是提供审计式的“鉴证和报告”的事后审查，未转变为事前确定目标，事中和事后评价的方式。
（三）未将财政支出绩效评价纳入整个绩效预算管理的过程中。绩效预算管理以成果为导向，将追求最大绩效作为预算管理的根本目标，将实现既定绩效目标作为预算管理的根本要求，将财政资源配置的最终成果作为衡量管理活动的根本标准，并贯穿于预算编制、执行、监督等各项管理活动中。预算分配着眼于资源配置后能够取得的绩效，从源头上控制没有绩效和低绩效的项目。预算执行着眼于减少成本，提高效率。为此。绩效预算编制、执行和财政支出绩效评价应作为一个整体，相辅相成，撇开绩效预算编制和执行谈绩效预算评价如无源之水。
（四）未建立科学、规范，合理的评价体系。财政支出绩效评价工作是一项十分复杂的系统工程，涉及面广、工作量大、技术性强。组织开展这项工作，必须建立规范统一的财政支出绩效评价制度，制定科学规范的评价指标和公正合理的评价标准，并将财政支出绩效评价制度纳入财政绩效管理的制度范畴。目前，我国开展的绩效评价工作主要存在以下问题：一是没有明确的管理机构。西方许多国家和世界银行等国际组织都设有专门的公共支出绩效评价机构，作为财政支出绩效评价执行主体；二是缺乏满足不同层面、不同行业、不同支出性质等方面进行综合、立体评价需要，科学、规范、合理的方法、指标体系以及标准体系；三是评价层次和重点不清；四是评价结果缺乏约束力。